Na absolvovanie predmetu Mikrobiológia sa vyžaduje 100 % aktívna účasť študenta na praktických cvičeniach a v priebehu semestra je potrebné absolvovať 2x kreditový test.

Podmienky pre udelenie zápočtu: 2x kreditový test (minimum 5,5 bodov, maximum 10 bodov/test), test sa píše v 6. a 12. týždni semestra. Súčasťou zápočtu je aj samostatná diagnostická práca v 13. týždni semestra.

Skúška: je v písomnej forme a pozostáva z troch častí: všeobecná mikrobiológia, špeciálna bakteriológia a virológia. Z každej časti je potrebné získať minimálne 10 bodov (spolu 30).

V prípade presunutia výučby do online priestoru môžu nastať zmeny v počte či charaktere otázok prostredníctvom platformy MOODLE, ale základnou podmienkou je dosiahnuť minimálne 51 %.

Študent získava absolvovaním predmetu vedomosti o všeobecných vlastnostiach mikroorganizmov, a tiež o patogénnych mikroorganizmoch, so zameraním najmä na patogény prenosné zo zvierat na človeka, zoonózy.

Všeobecná časť:

Úloha a postavenie mikroorganizmov v prírode, ich vzťah k hostiteľovi.

Morfológia a anatomická štruktúra, fyzikálno-chemické vlastnosti mikroorganizmov.

Organizácia a regulácia životných procesov mikroorganizmov.

Metabolizmus, rast a množenie mikroorganizmov, ich kultivácia.

Vplyv vonkajších činiteľov na mikroorganizmy, vrátane antibiotík.

Genetika mikroorganizmov:

Genetický kód, gény, chromozomálne a extrachromozomálne genetické elementy,

Vertikálny a horizontálny prenos genetickej informácie, rekombinácia.

Regulácia enzymatickej aktivity a proteosyntézy.

Mechanizmus vzniku antibiotikorezistencie.

Mutácie a mutagenéza, reaktivácia a reparácia poškodených úsekov DNA.

Špeciálna časť:

Systematika mikroorganizmov, predmet štúdia bakteriológie, virológie a mykológie.

Gram-negatívne a gram-pozitívne tyčinky a koky, primárne, resp. sekundárne patogénne baktérie. producenti antimikrobiálnych látok.

DNA a RNA vírusy, charakteristika, podiel na ochoreniach ľudí a zvierat, mechanizmus patogenity.

Prióny a prionózy ľudí a zvierat, charakteristika a mechanizmus patogenity.

Kvasinky a plesne, metabolity plesni pri mykotoxikózach ľudí a zvierat.

Osnova prednášok:

III. semester (2 hod.):

1. Historický prehľad vývoja mikrobiológie. Prokaryotické a eukaryotické organizmy, baktérie, vírusy, plesne: štruktúra a funkcia. Prehľad systematiky, názvoslovie. Úloha a význam mikroorganizmov v ekosystéme.

2. Morfológia, štruktúra a metabolizmus baktérií. Typy mikroorganizmov na základe nutričných požiadaviek, zdroja energie, vzťah ku kyslíku.

3. Reprodukcia a rast baktérií. Vplyv fyzikálno-chemických podmienok na ich rast.

4. Mechanizmy mikrobiálnej patogenity, bakteriálne toxíny, pramene a šírenie infekcie, cesty prenosu. Antimikrobiálne látky, producenti a mechanizmy ich pôsobenia.

5. Genetika mikroorganizmov: horizontálny prenos genetickej informácie, štruktúra a funkcia bakteriálnych vírusov (v súvislosti s transdukciou).

6. Gram-negatívne, obligátne aeróbne, nefermentujúce koky a tyčinky (Rody: Pseudomonas, Neisseria, Brucella, Francissella).

7. Gram-negatívne, fakultatívne anaeróbne tyčinky. (Rody: Escherichia, Salmonella, Shigella, Yersinia).

8. Gram-negatívne pohyblivé tyčinkovité a špirálovité baktérie (Rody: Treponema, Borrelia, Leptospira, Vibrio, Campylobacter).

9. Gram-pozitívne koky a tyčinky (Rody: Staphylococcus, Streptococcus, Mycobacterium, Listeria).

10. Gram-pozitívne sporulujúce tyčinky. (Rody: Bacillus, Clostridium)

11. Baktérie bez bunkovej steny. Obligátne intracelulárne parazity.

12. Všeobecná virológia. Štruktúra a funkcia živočíšnych vírusov, taxonómia. Reprodukčné mechanizmy živočíšnych vírusov. Prióny: charakteristika.

13. Vírusy – pôvodcovia zoonóz, klasifikácia a charakteristika.

Osnova praktických cvičení:

III. semester:

1. A. Práca v mikrobiologickom laboratóriu:

a) zásady bezpečnosti práce,

b) zásady správnej laboratórnej praxe.

B. Rast a množenie baktérií, izolácia a kultivácia baktérii na živných pôdach:

a) rozdelenie a charakteristika živných pôd,

b) techniky inokulácie tekutých a pevných živných pôd,

c) izolácia „čistých bakteriálnych kultúr“ („solitárnych kolónií“).

2. Hodnotenie rastu baktérií na živných pôdach:

a) posúdenie rastu bakteriálnych kultúr v tekutých a na pevných živných pôdach,

b) uchovávanie bakteriálnych kultúr a metódy ich testovania,

c) spôsoby anaeróbnej kultivácie baktérií.

3. Mikroskopické metódy pozorovania mikroorganizmov, príprava preparátov

A. Natívny preparát:

a) zhotovenie natívneho preparátu metódou stlačenej kvapky,

b) natívny preparát zo solitárnej kolónie a z tekutej kultúry.

B. Fixovaný preparát a používanie farbiacich metód:

a) jednoduché farbiace metódy,

b) diferenciálna farbiaca metóda podľa Grama,

b) hodnotenie preparátu G+ a G- baktérií.

4. Metabolické aktivity baktérii a metódy ich testovania:

a) metódy testovania metabolických aktivít mikroorganizmov – princípy,

b) zhodnotenie a praktický význam vyšetrenia.

5. Antigénne a molekulovo-biologické metódy detekcie mikroorganizmov:

a) vymedzenie pojmov antigén, protilátka, titer,

b) aglutinačné testy (sklíčková a latexová aglutinácia),

c) izolácia a vizualizácia DNA – princíp,

d) PCR-princíp.

6. Kvalitatívne a kvantitatívne metódy testovania rezistencie baktérii voči

antimikrobiálnym látkam:

a) spôsoby inokulácie živných médií,

b) kvalitatívna diskovo – difúzna metóda,

c) kvantitatívne metódy a stanovenie MIC (minimálnej inhibičnej koncentrácie),

1. KREDITOVÝ TEST.

7. Diagnostika Gram-negatívnych bakteriálnych pôvodcov alimentárnych ochorení

(čeľaď Enterobacteriaceae):

a) rast významných zástupcov rodov Escherichia a Salmonella na pevných a v tekutých živných pôdach,

c) miroskopický preparát (farbenie podľa Grama),

d) posúdenie biochemických a antigénnych vlastností,

e) diferenciálna diagnostika,

f) špeciálne vyšetrovacie metódy.

8. Diagnostika Gram-negatívnych bakteriálnych pôvodcov nozokomiálnych

a respiračných ochorení (rody: Pseudomonas, Pasteurella, Haemophilus):

a) rast vybraných zástupcov na pevných a v tekutých živných pôdach,

b) mikroskopický preparát (farbenie podľa Grama),

c) špeciálne vyšetrovacie metódy.

9. Diagnostika Gram-pozitívnych bakteriálnych pôvodcov hnisavých infekcií

(zástupcovia rodov Staphylococcus a Streptococcus):

a) rast na základných a obohatených živných pôdach (hemolytické vlastnosti),

b) mikroskopicky preparát (farbenie podľa Grama),

c) kultivačné a biochemické vlastnosti,

d) špeciálne vyšetrovacie metódy.

10. Diagnostika sporulujúcich baktérií (zástupcovia rodu Bacillus):

a) rast Bacillus anthracis na tuhých a tekutých živných médiách,

b) mikroskopicky preparát (farbenie podľa Grama),

c) farbenie podľa Wirtz-Conklina,

d) diferenciácia Bacillus anthracis a Bacillus cereus,

e) špeciálne vyšetrovacie metódy.

11. Diagnostika Gram-pozitívnych tyčinkovitých baktérií (rod: Listeria

a Mycobacterium):

a) kultivačné vlastnosti,

b) mikroskopický preparát (farbenie podľa Grama),

c) zásady kultivácie zástupcov rodu Mycobacterium,

d) farbenie podľa Ziehl-Neelsena,

e) špeciálne vyšetrovacie metódy.

12. Zásady virologickej diagnostiky; bunkové kultúry, virologické metódy

a) systém virologickej diagnostiky, kultivačné fľaše, živné médiá,

b) rozdelenie a druhy bunkových kultúr (príprava),

c) izolácia a množenie vírusov, charakteristika CPE,

d) detekcia vírusov pomocou špecifických protilátok (všeobecne), VNT

2. KREDITOVÝ TEST.

13. Samostatná diagnostická práca, vyhodnotenie a udeľovanie zápočtov.

Samostatná diagnostická práca, ktorá je súčasťou zápočtu z predmetu Mikrobiológia, zahŕňa teoretické vedomosti z nasledovných okruhov:

- Správna laboratórna prax v mikrobiologickom laboratóriu.

- Príprava živných pôd pre bakteriálnu diagnostiku.

- Druhy živných pôd, rozdelenie, vlastnosti.

- Získavanie čistých bakteriálnych kultúr. Uchovávanie čistých bakteriálnych kultúr.

- Charakteristika rastu mikroorganizmov na pevných a tekutých živných pôdach.

- Mikroskopické vyšetrenie baktérií, rozdelenie, princíp, sledované znaky.

- Metódy stanovenie metabolických aktivít mikroorganizmov.

- Metódy testovania bakteriálnych antigénov, princíp, požiadavky, rozdelenie.

- Rezistencia voči antibiotikám – metódy testovania a vyhodnotenie, antimikrobiálne látky.

- DNA metódy (PCR) v mikrobiologickej diagnostike.

- Zásady virologickej diagnostiky, potreby a požiadavky, bakteriofágy.

- Bunkové kultúry, izolácia a detekcia vírusov, charakteristika CPE, VNT.

Ďalšou časťou je príprava mikroskopického preparátu a popis charakteristických znakov rastu baktérií v tekutých a na tuhých živných médiách, vymenovanie ďalších významných znakov pri diagnostike zástupcov rodov:

Bacillus, Escherichia, Salmonella, Listeria, Mycobacterium, Pseudomonas, Staphylococcus, Streptococcus.

Súčasťou posledného praktického cvičenia je celkové zhodnotenie práce študentov na cvičeniach a udeľovanie zápočtov.

SKÚŠKA je písomnou formou, test pozostáva z 30 otázok zo všeobecnej mikrobiológie a genetiky mikroorganizmov, špeciálnej bakteriológie a virológie.

Okruhy otázok teoretickej časti skúšky:

Všeobecná mikrobiológia a genetika mikroorganizmov:

1. Historický prehľad vývoja mikrobiológie. Mikrobiologické vyšetrovacie metódy.

2. Prokaryotické a eukaryotické organizmy, baktérie, vírusy, plesne: štruktúra a funkcia. Prehľad systematiky, názvoslovie. Pozorovanie mikroorganizmov.

3. Morfológia a štruktúra baktérií. Anatomická stavba a chemické zloženie bakteriálnej bunky. Rozdelenie mikroorganizmov a ich charakteristika.

4. Metabolizmus mikroorganizmov. Typy mikroorganizmov na základe nutričných požiadaviek, zdroja energie, vzťah ku kyslíku.

5. Reprodukcia a rast mikroorganizmov in vivo a in vitro. Generačná doba, individuálny rast bakteriálnej bunky, rast bakteriálnej populácie, kontrola rastu mikroorganizmov, vplyv fyzikálno-chemických podmienok na rast mikroorganizmov. Metódy určovania počtu baktérií a bakteriálnej masy.

6. Antimikrobiálne látky, mechanizmy ich pôsobenia. Producenti antibiotík, charakteristika a mechanizmus účinku na bakteriálnu bunku. Mechanizmy rezistencie.

7. Vzťahy medzi mikroorganizmami, mikroorganizmom a hostiteľom. Interakcia medzi rôznymi mikrobiálnymi populáciami. Symbióza medzi baktériami a hostiteľom. Saprofytizmus, epifytizmus.

8. Mechanizmy mikrobiálnej patogenity, bakteriálne toxíny, zdroje a šírenie infekcie, cesty prenosu.

9. Genetická informácia. Horizontálny transfer genetickej informácie.

10. Štruktúra a funkcia bakteriálnych a živočíšnych vírusov, taxonómia. Klasifikácia vírusov.

11. Bakteriofágy – vírusy baktérií. Lytický a lyzogénny cyklus množenia bakteriofágov.

12. Reprodukčné mechanizmy bakteriálnych a živočíšnych vírusov.

13. Prióny: charakteristika známych zástupcov.

Špeciálna bakteriológia a vírusy ako významní pôvodcovia zoonóz:

1. Aeróbne Gram-negatívne koky a tyčinky.

2. Čeľaď Enterobacteriaceae (rody: Escherichia, Salmonella, Shigella, Yersinia, Klebsiella, Proteus,) charakteristika.

3. Čeľaď Pasteurellaceae. Ostatné fermentatívne, oxidáza pozitívne baktérie.

4. Gram-negatívne pohyblivé špirálovité a tyčinkovité baktérie.

5. Gram-pozitívne koky (rod Staphylococcus a Streptococcus).

6. Gram-pozitívne sporulujúce tyčinky (rod Bacillus a Clostridium)

7. Gram-pozitívne spóru netvoriace tyčinky (čeľaď Listeriaceae a Mycobacteriaceae; rod Listeria a Mycobacterium).

8. Baktérie bez bunkovej steny (čeľaď Mycoplasmataceae).

9. Obligátne intracelulárne parazity (rád Rickettsiales a Chlamydiales).

10. Vírusy – pôvodcovia zoonóz, klasifikácia a charakteristika významných zástupcov.

11. DNA vírusy

12. RNA vírusy

13. Prióny

Votava, M.: Lékařská mikrobiologie obecná, Praha, 2002.

Votava, M. a kol.: Lékařská mikrobiologie speciální, Praha, 2002.

Bednář, M. a kol.: Lékařská mikrobiologie, Marvil 1996, Praha.

Rosypal, S.: Úvod do molekulárnej biológie. I., II. diel, Brno, 1997.

Pistl, J. a kol.: Veterinárna virológia, UVLF v Košiciach, 2013.

Pilipčinec, E. a kol.: Praktické cvičenia z mikrobiológie, UVLF v Košiciach, 2016.

Pilipčinec, E. a kol.: Vybrané kapitoly zo špeciálnej bakteriológie pre farmaceutov. Gram-negatívne baktérie, UVLF v Košiciach, 2018.

Pilipčinec, E. a kol.: Vybrané kapitoly zo špeciálnej bakteriológie pre farmaceutov. Gram-pozitívne baktérie, UVLF v Košiciach, 2019.

Obsahová prerekvizita:

Podmieňujúce predmety: Biológia, Všeobecná a anorganická chémia, Odborná latinčina

Priebežné hodnotenie:

Aktivita na praktických cvičeniach, 2x kreditový test (v 6. a 12. týždni semestra), samostatná práca v 13. týždni semestra, zameraná na diagnostické vyšetrovacie metódy využívané v mikrobiológii.

Podmienky na absolvovanie predmetu:

Na absolvovanie predmetu Mikrobiológia sa vyžaduje 100 % aktívna účasť študenta na praktických cvičeniach a v priebehu semestra je potrebné absolvovať 2x kreditový test.

Podmienky pre udelenie zápočtu: 2x kreditový test (minimum 5,5 bodov, maximum 10 bodov/test), test sa píše v 6. a 12. týždni semestra. Súčasťou zápočtu je aj samostatná diagnostická práca v 13. týždni semestra.

Skúška: je v písomnej forme a pozostáva z troch častí: všeobecná mikrobiológia, špeciálna bakteriológia a virológia. Z každej časti je potrebné získať minimálne 10 bodov (spolu 30).

V prípade presunutia výučby do online priestoru môžu nastať zmeny v počte či charaktere otázok prostredníctvom platformy MOODLE, ale základnou podmienkou je dosiahnuť minimálne 51 %.

Záverečné hodnotenie:

Zápočet (21 % - 40 %) a skúška, ktorá prebieha písomnou formou - test (30 % - 60 %).

Študenti majú počas semestra možnosť využívať konzultácie, každý štvrtok od 14.00 - 15.00 hodiny.

Odporúčame využívať platformu Moodle, kde sú uverejnené v pdf formáte prezentácie z prednášok aj praktických cvičení. Rovnako odporúčame využívať online formu štúdia prostredníctvom MS Teams.