Pre absolvovanie predmetu študent musí mať aktívnu účasť na prednáškach a praktickej výučbe. Podmienkou absolvovania skúšky je vypracovanie a obhajoba seminárnej práce na tému zadanú garantom (v rozsahu A-E), ktorá je výsledkom samoštúdia. Skúška je udelená na základe hodnotenia získaných vedomostí (v rozsahu A-E).

Absolvent povinne voliteľného predmetu bioinformatika získa doplňujúce vedomosti o informatických a bioinformatických nástrojoch používaných v genomike a proteomike, t.j. o analýze sekvencií DNA a proteínov, analýze veľkých dát, ako napr. transkriptomických a proteómových dát a o analýzach v rámci imunogenetiky. Výsledky vzdelávania sú overované vypracovaním seminárnej práce, jej obhajobou a záverečnou skúškou.

Analýza sekvencie DNA (analýza Sangerovej sekvencie). Ako urobiť alignment sekvencií, rôzne metódy alignment, rôzne metódy konštrukcie dendrogramov. Sekvenčná analýza ďalšej generácie. Ako vykonať kontrolu kvality. Ako urobiť úpravu sekvencií. Ako mapovať sekvencie genómu. Génová ontológia (GO). Čo je GO. Ako používať GO. Analýza bunkovej signalizácie. Metódy a použitie rôznych serverov. Shiney R. Ako použiť Shiney R pri analýze transkriptomických a proteomických údajov. Predikčné servery. Rôzne predikčné servery pre DNA, RNA a proteíny. Dizajnovanie primerov. Bioinformatika epitopov, mimotopov, MHC a protilátok.

Dev Bukhsh Singh, Rajesh Kumar Patha: Bioinformatics: Methods and Applications, 2021, ISBN 978-0-323-89775-4. Hoyt Robert, ‎ Muenchen Robert: Introduction to Biomedical Data Science, 2019, ISBN 978-1-79476-173-5. Jialiang Yang, Liao Bo, Tuo Zhang, Yifei Xu: Bioinformatics Analysis of Single Cell Sequencing Data and Applications in Precision Medicine, 2019, ISBN 9782889635283. Maxwell James: Bioinformatics for beginners: A Comprehensive Guide to Bioinformatics for Beginners., ISBN 979-8450604480. Vijai Singh, Ajay Kumar: Advances in Bioinformatics, 2021, ISBN 978-981-33-6190-4.

Podmienky na absolvovanie predmetu:

Pre absolvovanie predmetu študent musí mať aktívnu účasť na prednáškach a praktickej výučbe. Podmienkou absolvovania skúšky je vypracovanie a obhajoba seminárnej práce na tému zadanú garantom (v rozsahu A-E), ktorá je výsledkom samoštúdia. Skúška je udelená na základe hodnotenia získaných vedomostí (v rozsahu A-E).