Účasť na cvičeniach (3 cvičenia môžu chýbať, 1 je bez náhrady, ďalšie 2 musia byť nahradené v priebehu prvých 3 týždňov po skončení semestra). Na konci semestra je písomná previerka, ktorá je podkladom pre udelenie kreditu. Kredit dostane iba študent, ktorý z písomnej previerky získal minimálne 51%.

Úspešným absolvovaním predmetu študent získa informácie o možnostiach využitia metód molekulovej biológie pri laboratórnej diagnostike mikroorganizmov. Študent získa prehľad o tom, akým spôsobom sa na dostupných www stránkach získavajú informácie z oblasti bioinformatiky a ako sa následne tieto informácie spracovávajú podľa voľne dostupných programov. Praktická časť výuky poskytne študentovi možnosť praktického vyskúšania si niektorých z týchto metód využívaných v laboratórnej diagnostike infekčných agensov.

Na jednotlivých prednáškach budú študenti oboznámení s teoretickým podkladom danej témy, ktoré bude následne doplnené o praktickú ukážku. Zámerom tohto predmetu je nielen oboznámiť študentov s najmodernejšími metódami molekulovej mikrobiológie, ale v rámci možností, umožniť im aj prakticky si vyskúšať tieto techniky.

1. Úvod do molekulovej mikrobiológie (Detekcia mikroorganizmov pomocou serologickej diagnostiky a DNA diagnostiky).

2. Izolácia genomickej DNA. Spektroskopické stanovenie konceentrácie DNA.

3. Princíp a praktické využitie PCR.

4. Princíp a praktické využitie RT-PCR.

5. Princíp epidemiologického porovnania mikroorganizmov (bioinformatika).

6. Genotypizácia. Analýza DNA pomocou RFLP.

7. Genotypizácia. Analýza DNA pomocou DGGE, SSCP.

8. Princíp a praktické využitie sekvenovania.

9. Izolácia proteínov.

10. Analýza proteínových extraktov pomocou PAGE.

11. Hybridizácie (Western blot).

12. Nové metódy detekcie a identifikácie baktérií (magnetická separácia, MALDI)

13. Princíp detekcie GMO v potravinách.

M. Bhide a kol.: In silico veritas I: Nové trendy vo využívaní bioinformatických analýz v genetike a proteomike. Košice UVLF, 2013

M. Bhide a kol.: In silico veritas II: Bioinformatika v molekulárnej biológii: metódy a protokoly. 2017

Obsahová prerekvizita:

Podmieňujúce predmety: Biológia, Biochémia, Mikrobiológia

Priebežné hodnotenie:

Po ukončení tematického bloku študenti absolvujú kontrolný test z od prednášanej látky a praktických cvičení (celkovo 2 testy).

Podmienky na absolvovanie predmetu:

Účasť na cvičeniach (3 cvičenia môžu chýbať, 1 je bez náhrady, ďalšie 2 musia byť nahradené v priebehu prvých 3 týždňov po skončení semestra). Na konci semestra je písomná previerka, ktorá je podkladom pre udelenie kreditu. Kredit dostane iba študent, ktorý z písomnej previerky získal minimálne 51%.

Záverečné hodnotenie:

Záverečné hodnotenie je zložené z písomného testu z praktickej a teoretickej časti. Do záverečného hodnotenia sa započítava aj výsledok kreditného test.

Predmet nemôžu absolvovať tehotné študentky.